Hij volgt in 1378 zijn vader op als heer van Breda, vandaar dat hij hier Jan II van Polanen wordt genoemd. Op het kasteel dat hij bewoonde, stichtte Jan II een kapel.
Na zijn kinderloos gebleven huwelijk met Maria van Brabant, trouwde Jan II met de Duitse edelvrouw Odilia van Salm. Samen kregen zij dochter Johanna.
Het graf van Jan II van Polanen is, in tegenstelling tot de tombe van Jan I, uitgevoerd als rustplaats voor één persoon. Net als de andere tombe is dit grafmonument meerdere malen verplaatst. Oorspronkelijk stond hij vrij, waarschijnlijk in de directe omgeving van het hoogkoor, en is pas later in de kooromgang in een nis geplaatst.
Het feit dat de tombes van de beide heren van Polanen bij iedere verbouwing van het kerkgebouw, hoe ingrijpend dan ook, een nieuw plekje kregen laat zien dat Breda haar oude heren niet vergeten is. In de loop van de tijd is het grafbeeld van Jan II zwaar beschadigd.