Na het overlijden van graaf Engelbrecht II van Nassau waren er geen wettige nakomelingen om hem op te volgen. Zijn neef Hendrik van Nassau erfde alle bezittingen en werd zo de nieuwe heer van Breda. Hij is voor de stad van grote betekenis geweest, hoewel zijn werkterrein vaak buiten Breda lag. Zo was hij onder meer drossaard van Brabant, reisde samen met Filips de Schone door Europa, was stadhouder van Holland en Zeeland, was een van de gouverneurs van de jonge Karel V en verbleef vaak als opperkamerheer en raadsman in Spanje aan het hof van keizer Karel V.
Tussen 1510 en 1530 werd de Grote Kerk aan de oostzijde uitgebouwd met de Sacramentskapel, de Prinsenkapel en de kooromgang. De Sacramentskapel aan de zuidzijde van het hoogkoor bevatte een altaar voor het heilig Sacrament van Niervaert. Op kosten van graaf Hendrik III werd in 1520 begonnen aan de bouw van het nieuwe Herenkoor, noordelijk tegen het oude Herenkoor. Reeds in 1526 kon het altaar hier, met daarop het drieluik van meester Jan van Scorel, worden gewijd. Met de bouw van de kooromgang werd begonnen in 1526 en rond het midden van de zestiende eeuw was hij voltooid.
Graaf Hendrik III van Nassau had een vooraanstaande positie aan het Bourgondische hof. Hij was direct betrokken bij de kroning van Karel V tot keizer in 1530. Tijdens zijn werk voor de keizer kwam hij in Zuid-Europa in aanraking met de renaissance architectuur en raakte daardoor geïnspireerd. In de jaren dertig van de zestiende eeuw liet Hendrik van Nassau het kasteel van Breda verbouwen tot een toonaangevend renaissancepaleis naar Zuid-Europees voorbeeld. Bij de komst van de Koninklijke Militaire Academie in 1828 werd het paleis vrijwel geheel ontdaan van haar renaissance uiterlijk.